Na infância, sua saúde foi frágil, sofreu de asma, bronquite, raquitismo e febre reumática.
Quando era adolescente, limpava o jardim de um vizinho que possuía uma biblioteca, em troca de desfrutar dela. Devido a uma saúde fraca na infância e à sede de conhecimentos, tornou-se autodidata aprofundando seus conhecimentos em anatomia, física,biolgia, fisiologia e medicina tradicional chenisa. O Método teve influencia desde a Yoga, artes marciais ao estudo do movimento dos animais.
Em 1912, aos 32 anos de idade, este jovem alemão ensinou seu corpo a executar movimentos de boxe,onde trabalhou como instrutor de defesa pessoal da policia civil inglesa a Scotland Yard e artista de circo.
Pilates e seu irmão juntaram-se a uma companhia de circo que realizou uma turnê por Londres quando eclodiu a Primeira Guerra Mundial (1914), foi recluso no campo de concentração de Lancaster, por ser considerado inimigo estrangeiro. Todos os componentes da trupe foram confinados em um campo de prisioneiros, com outros compatriotas na ilha de Man. Nesse período atuou como enfermeiro e desenvolveu exercícios para manter a si e aos companheiros saudáveis. Usou as camas hospitalares e outros artefatos (cintos, lastros e molas) para fortalecer enfermos que ainda permaneciam deitados nas camas, onde iniciou o desenvolvimento dos primeiros protótipos dos aparelhos hoje conhecidos.
Em 1918 houve uma epidemia do vírus Influenza (Gripe Espanhola) dizimando milhares de ingleses e nenhum dos internos (enfermos) sob seu treinamento foram infectados.
Anos depois, Pilates atribuiu a sobrevivência dos prisioneiros à epidemia a execução dos exercícios, beneficiando sua saúde, embora não existissem comprovações cientificas na época.
Finalizando a guerra, retornou à Alemanha, onde continuou a desenvolver seu método, em primeiro lugar chamou atenção dos membros do mundo da dança. Rudolf Von Laban, que incorporou princípios de Pilates a sua técnica corporal. Por existir uma “vazio” existente nas peças de teatro e dança, buscando movimentos mais espontâneos e conscientes. Também recorreram a ele atletas inclusive o campeão de boxe dos pesos pesados, Max Schmeling. Mas, quando foi convocado pelo governo de Guilherme II (rei da Prússia) para treinar a força policial da cidade de Hamburgo, resolveu sair do país e escolheu imigrar para os Estados Unidos.
Em 1926, aos 46 anos, pilates acompanhou o campeão mundial Schmeling a Nova York, com promessa do representante do boxeador financiar uma cademia naquela cidade. Na viagem de navio de Londres para Nova York, Pilates conheceu a enfermeira Clara e obtiveram afinidades por apresentar interesse pela saúde e como manter o corpo saudável, decidiram abrir um estúdio juntos e mais tarde acabaram casando. Pilates e Clara abriram a academia na Oitava Avenida de Nova York, no mesmo prédio do New York City ballet, velozmente atraiu a atenção de pessoas influentes na cidade, como Ruth St. Denis, Ted Shwn, Martha Graham (professora, bailarina e coreógrafa pioneira da dança moderna) e George Balanchine (fundador da School of American Ballet e diretor da Companhia que viria a ser o New York City Ballet, como é conhecido atualmente).
Nos anos 60, estudiosos de Pilates abriram seus próprios estúdios. Alguns se mantiveram fieis a forma original (ordoxa) dos ensinamentos, como Romana Kryzanowska, outros profissionais da primeira geração de discípulos, acrescentaram os seus próprios conhecimentos com os princípios de que receberam, entre eles: Carolla Trier, Ron Fletcher, Kathy Stanford-Grndt, Eve Gentry e Bruce King.
Joseph Pilates faleceu em 1967 com 87 anos, em conseqüência de um incêndio na sua academia, na tentativa de salvar seus equipamentos, inalou uma quantidade excessiva de gases tóxicos. Clara continuou seu trabalho ate 1977 quando veio a falecer.
Quando Joseph Pilates faleceu seu método era praticamente conhecido apenas entre seus clientes do Studio, grupo restrito por dançarinos, atores e clientes ricos. Joseph acreditava fervorosamente na contrologia e desejava que cada escola e ginásio o ensinassem. Sonhou com o dia em que Pilates se tornasse uma palavra comum. Pilates disse uma vez que seus exercícios estavam cinqüenta anos a frente de seu tempo e estava certo.
Hoje, apenas nos Estados Unidos mais de 5 milhões de norte-americanos praticam seus exercícios e os números crescem verticalmente, O nome Pilates não é uma marca registrada, pertence ao domínio publico, esta livre das limitações aplicáveis a uma marca registrada. O sonho de Joseph Pilates esta próximo de transformar-se numa realidade.
